I dipinti costituiscono la raccolta più importante, sia per numero sia per qualità.

In totale il museo ne custodisce ben 1793, numero che continua a crescere grazie alle donazioni

costanti dei privati.

Poche altre pinacoteche in Italia possono vantare una rassegna tanto completa delle scuole veneta e lombarda, oltre a un nucleo selezionato di opere toscane del Rinascimento.

Da Pisanello a Mantegna, da Foppa a Bellini, e, ancora, Raffaello, Tiziano, Lotto, Moroni, Baschenis, Rubens, Tiepolo, Canaletto, Guardi, Hayez e Previati, sono gli autori di alcuni dei capolavori della Pinacoteca. Particolarmente significativa è inoltre la raccolta di dipinti dei maestri e allievi della Scuola dell’Accademia Carrara, che comprende opere di Diotti, Piccio, Coghetti, Trécourt e Scuri, tra gli altri.